Die Wurzeln der heutigen Carl-Funke Schule lassen sich bis in das Jahr 1784 zurückverfolgen.
Erstmalig wird in der Chronik des Dorfes Heisingen von einer damals noch evangelischen Dorfschule gesprochen, die sich im Gebäude des späteren Michelskotten (heute noch in der Kofeldhöhe zu sehen) befand.

Zwischen 1823 und 1853 erlosch zunächst die evangelische Dorfschule und die verwaisten Schüler/ -innen ,begaben sich zur katholischen Marktschule, wo sie von den sechs vorhandenen Bänken, drei belegen durften. 1854 verließ die evangelische Schülerschar mitten im Schuljahr die Marktschule und zog in die neugegründete Schule, die sich in der „Leibzucht des Krampenhofes“ befand. (heute Krampenhof im Krapenbrink)

Gegen Ende des 19.Jahrhunderts setzte, im Zuge der Industrialisierung, ein solcher Zustrom von Menschen nach Heisingen ein, dass der evangelische Gemeinderat 1891 den dringend benötigten Schulneubau beschließen und im gleichen Jahr beginnen konnte. 1892 wurde das neue Haus an der Bahnhofstraße (heute Georgschule) eingeweiht und bezogen.

Ab 1912 wurde mit dem Bau eines modernen, vierklassigen Gebäudes direkt hinter der evangelischen Kirche am Stemmering begonnen und am 18. März des Jahres 1913 konnte die neue Schule in einem feierlichen Festakt ihrer Bestimmung übergeben werden.

Nach einer wechselvollen Geschichte, die entscheidend durch die beiden Weltkriege geprägt wurde, trägt die Schule seit 1960 den Namen Carl-Funke-Schule. Einerseits, um den Industriellen Carl Funke zu ehren, andererseits aber auch, um ein Zeichen der Heimatverbundenheit zu setzten; schließlich waren zur damaligen Zeit die meisten Heisinger Väter auf der Zeche Carl-Funke in Brot und Arbeit.

1968 wurde die Carl-Funke Schule zunächst in eine Gemeinschaftsschule und später in eine reine Gemeinschaftsgrundschule umgewandelt.

Nach der Schließung der Heisinger Hauptschule im Jahre 1985 bezog die Carl-Funke Schule das großzügige Gebäude mit herrlichem Außengelände am Baderweg.

2005-2006 wurde das Souterrain des Hauptgebäudes komplett saniert und räumlich umgestaltet, damit die Schule ab 2007 als „Offene Ganztagsschule“ geführt werden konnte. Nun können Schüler und Schülerinnen von 7 -17 Uhr in der Schule bleiben und komplett versorgt werden.

2010 wurden beide Gebäude für über 3 Millionen Euro energetisch mit Hilfe des Konjunkturpaketes II saniert. Seither ist die Schule bestens isoliert, modernisiert und beide Gebäudedächer komplett neu eingedeckt. Auf dem Dach des kleineren Gebäudes wurde eine Fotovoltaik Anlage angebracht.